Programme können verschiedene Missionen durchführen, welche im Folgenden beschrieben werden. Neue Missionen können über den Menüpunkt Firewall/Missionen gestartet werden. Befindet sich ein Programm bereits im Netzwerk, so können einige Missionstypen auch direkt von dort gestartet werden.
Mit einem Programmen können alle möglichen Ziele angegriffen werden. Wird das Ziel verteidigt, so kommt es zu einem Kampf. Es ist auch möglich koordinierte, also aus mehreren Spielern bestehende, Angriffe durchzuführen. Dazu ist es ausreichend, dass die Teilnehmer ihre Angriffe innerhalb von 0T 00:15:00 nach dem Gruppenleiter bei dem Ziel ankommen lassen. Sollte das Ziel besetzt gehalten werden, wird gegen den Besetzer gekämpft und bei Erfolg die Besetzung aufgelöst. Wurde die Verteidigung durchbrochen und der Kampf gewonnen, rauben die verbleibenden Programme das Ziel der Angriffsmission aus. Nach einem Angriff im Netzwerk muss das Kampfinterface der Angriffsprogramme unabhängig vom Kampfausgang erneut 0T 02:00:00 geladen werden, bevor weitere Kampfaktionen möglich sind.
Um zu verhindern, dass andere Spieler ein bestimmtes Ziel ausrauben oder Aktionen durchführen, kann man Programme zu dessen Verteidigung aufstellen. Die Initialisierung einer Verteidigung hat zur Folge, dass die Tarnung der eingesetzten Programme deaktiviert wird. Ein weiterer wichtiger Aspekt bei Angriffen auf das eigene Gateway sind die Detektorfähigkeiten der Programme. Diese ermöglichen es Angriffe bereits frühzeitig zu erkennen, um Gegenmaßnahmen einleiten zu können. Man kann sowohl das eigene, als auch Gateways anderer Spieler verteidigen. Um eine Verteidigung aufzustellen, kann die Mission über Firewall/Missionen gestartet werden. Ein Verteidigungsauftrag wird von dem Ziel, unabhängig von seiner Detektorstärke, immer erkannt.
Eine Verteidigung findet immer für den aktuellen Besetzer statt. Wird ein Gateway also beispielsweise gerade von einem feindlichen Clan besetzt gehalten, so gilt dies als Verteidigung des Gateways vor anderen Spielern. Eine Verteidigungsmission zu diesem Gateway würde nun den feindlichen Clan unterstützen. Falls es keinen Besetzer gibt, so gilt das Ziel als sein eigener Besetzer.
Nach dem Abbruch einer Verteidigungsmission im Netzwerk muss das Programm sein Kampfinterface wieder 0T 00:30:00 aufladen, bevor weitere Kampfaktionen möglich sind.
Jeder Spieler kann Gebiete im Netzwerk und fremde Gateways besetzen. Somit kann verhindert werden, dass Programme anderer Clans ein besetztes Gateway ausrauben. Angriffe des eigenen Clans können weiterhin ungehindert stattfinden. Eine Besetzung führt einen Angriff mit anschließender feindlicherVerteidigung aus. Der Eigentümer des feindlich besetzten Ziels muss nach einer erfolgreichen Besetzung verschiedene Nachteile in Kauf nehmen. Ist der Besetzer jedoch mit dem Ziel befreundet, findet eine Verteidigung für das Ziel statt.
Da die Besetzung eines Ziels eine Kampfaktion ist, muss im Netzwerk das Kampfinterface des Programms nach dem Angriffsteil der Besetzungsmission geladen werden. Die anschließend durchgeführte Verteidigung wird durch diesen Vorgang jedoch nicht beeinträchtigt.
Die Auflösung einer Besetzung kann über den Start eines erfolgreichen Angriffs oder den Abzug des Besetzers erreicht werden. Durch den Start einer erneuten Besetzungsmission, ist es möglich den Besetzer zu ändern. In den Kampfregeln sind detaillierte Informationen zu dem Verhalten der Programme während eines Kampfes beschrieben.
Durch die Besetzung eines fremden Servers oder Gateways muss dessen Besitzer verschiedene Nachteile in Kauf nehmen:
Ein eigener Server kann nicht mehr von seinem Besitzer genutzt werden. Das heißt, dass alle Funktionen der Serververwaltung außer Stoppen und Abreißen im Adminbereich deaktiviert sind.
Der Besitzer kann einen Angriff auf einen besetzten Server oder ein besetztes Gateway nicht entdecken, da eine Besetzung das IDS lahmlegt. Selbst ungetarnte Angriffe sind somit nicht erkennbar.
Der Besetzer kann über das Admin-Menü im Serverinterface versuchen einen Teil der Kontrolle über den Server zu erlangen. Durch das tiefere Eindringen in den Server kann der Besetzer nach 1T 00:00:00 den Server stoppen.
Damit Programme aus dem Netzwerkbereich des eigenen Clans vertrieben werden können, muss eine Mission vom Typ Festsetzen gestartet werden. Bei dem Festsetzen handelt es sich um einen Sonderfall der Verteidigung, weshalb die festsetzenden Programme zu den Verteidigern des Feldes zählen und die Tarnung deaktiviert wird. Aufgrund der benötigten Infrastruktur des Netzwerkes für das Festsetzen, ist diese Mission nur auf Netzwerkgebieten mit einem Routinglevel von mindestens 2 möglich. Voraussetzung für die Durchführung einer Festsetzung ist, dass das Programm über eine erweiterte Gebietskontrolle verfügt. Sobald die Mission gestartet wurde, kann kein feindliches Programm mehr das Gebiet verlassen. Die Mission dauert exakt 1T 00:00:00 und kann nicht mehrfach gestartet werden. Innerhalb dieses Zeitraums besteht für die festgesetzten Programme die Möglichkeit einen Angriff zu starten, wodurch im Erfolgsfall alle verteidigenden Programme beendet werden. Falls auf das Festsetzen nicht innerhalb der Missionsdauer reagiert wird, gehen die geladenen Daten unwiderruflich verloren und alle feindlichen Programme beenden sich. In diesem Fall wird das Feld nach dem Beenden der Programme automatisch weiter verteidigt.
Warnung: Beim Betreten eines feindlichen Clangebietes können auch Gebiete betreten werden, die gerade festgesetzt werden. In diesem Fall kann das Netzwerkgebiet nicht mehr verlassen werden, es sei denn ein erfolgreicher Angriff wird durchgeführt.
Damit ein Programm in einem Netzwerk aktiv werden kann, muss es eine Verbindung zu dem Zielnetzwerk aufbauen. Die Verbindung kann entweder über einen Homeserver oder einen Backbone Uplink hergestellt werden. Soll die Verbindung über einen Backbone Uplink hergestellt werden ist zu beachten, dass jedes Netzwerk nur einige wenige Backbone Uplinks besitzt und ein Programm somit nur an definierten Stellen das Netzwerk betreten kann. Die Backbone Uplinks sind über die Karte auffindbar. Sobald das Programm mit dem gewünschten Netzwerk eine Verbindung hergestellt hat, wartet es dort auf weitere Anweisungen.
Wenn einem anderen Spieler ein Programm überstellt werden soll, ist es notwendig dem Programm eine Steuerungs-KI zuzuweisen. Diese kehrt auf alle Fälle wieder zu ihrem Eigentümer zurück. Es ist zu beachten, dass der Empfänger des Programms genügend freie Festplattenkapazität besitzen muss, um das Programm aufzunehmen. Ist dies nicht der Fall, kehrt das Programm zum Absender zurück. Sollte beim Empfänger keine passende Steuerungs-KI für das Programm vorhanden sein, ist es ihm nicht möglich das Programm zu verwenden oder an den Absender zurück zu geben. Eine Überführung wird von dem Empfänger, unabhängig von seiner Detektorstärke, immer erkannt.
Eine Feste Überführung verhält sich grundsätzlich wie eine normale Überführung. Der Unterschied besteht darin, dass eine Feste Überführung nicht abgebrochen werden kann. Die Feste Überführung wird beispielsweise automatisch initiiert sobald beispielsweise ein Programm über den Handel verkauft wurde. Somit ist es dem Verkäufer nicht möglich, nach dem Geldeingang, die Programmüberführung zu seinem Kunden abzubrechen.
Hierüber ist es möglich anderen Spielern Ressourcen zu senden. Diese treffen augenblicklich beim Ziel ein. Der Transport erfolgt ohne den Einsatz eines Programms. Es fallen jedoch Transportgebühren in Höhe von 5% an, weshalb darauf zu achten ist, dass abgesehen von den Ressourcen, auch die Transportgebühr bezahlt werden kann. Sollten die eigenen Ressourcen nicht ausreichen, wird dies rot hervorgehoben. Um dem Empfänger einen Verwendungszweck für die Ressourcen mitzuteilen, ist es möglich einen kurzen Kommentar gemeinsam mit den Ressourcen zu übermitteln.
Es ist möglich anderen Spielern seine Module zu schicken, welche augenblicklich beim Ziel eintreffen. Es ist darauf zu achten, dass der Empfänger genügend freie Festplattenkapazität besitzen muss, um die Module aufzunehmen.